Kelelawar merupakan reservoir alami berbagai patogen, termasuk virus, bakteri, parasit, dan jamur, yang berpotensi menyebabkan penyakit zoonosis pada manusia. Penyakit infeksius baru (Emerging Infectious Diseases/EID), seperti rabies, Marburg, MERS, Hendra, dan Nipah, banyak dikaitkan dengan spesies kelelawar. Penularan dapat terjadi secara langsung melalui kontak dengan kelelawar yang terinfeksi atau secara tidak langsung melalui hewan perantara. Selain itu, beberapa bakteri enterik, parasit seperti Trypanosoma cruzi, serta jamur patogen juga ditemukan pada kelelawar. Perubahan lingkungan akibat deforestasi, urbanisasi, dan konsumsi satwa liar meningkatkan risiko transmisi penyakit ini.