Pada 17 Maret 2021 Presiden Joko Widodo menandatangani Peraturan Presiden (Perpres) Nomor 18 Tahun 2021 tentang Kementerian Kesehatan. Penerbitan Perpres ini merupakan tindak lanjut ditetapkannya Keputusan Presiden Nomor 113/P Tahun 2019 tentang Pembentukan Kementerian Negara dan Pengangkatan Menteri Negara Kabinet Indonesia Maju Periode Tahun 2019-2024. Hal itu juga untuk melaksanakan ketentuan Pasal 11 Undang-undang Nomor 39 Tahun 2008 tentang Kementerian Negara.

Sebagaimana ketentuan dalam Perpres tersebut, salah satu fungsi yang diselenggarakan Kementerian Kesehatan adalah perumusan, penetapan, dan pelaksanaan kebijakan di bidang kesehatan masyarakat, pencegahan dan pengendalian penyakit, pelayanan kesehatan, kefarmasian, alat kesehatan, dan tenaga Kesehatan. Dengan demikian, tidak lagi terdapat fungsi penelitian dan pengembangan yang selama ini melekat di Kementerian Kesehatan melalui unit organisasi Badan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan (Badan Litbangkes).

Adanya perubahan itu membuat Badan Litbangkes bertransformasi menjadi Badan Kebijakan Pembangunan Kesehatan (BKPK) yang mengemban fungsi perumusan, penetapan, dan pelaksanaan kebijakan di bidang kesehatan masyarakat.

Tak hanya itu, dalam tubuh organisasi Kementerian Kesehatan juga terjadi penataan lembaga. Menteri Kesehatan Budi Gunadi Sadikin merombak jajarannya untuk mengawal transformasi sistem kesehatan yang kuat dan tangguh dalam merespons bencana kesehatan global maupun nasional. Perubahan ini tertuang dalam Peraturan Menteri Kesehatan (Permenkes) Republik Indonesia Nomor 5 Tahun 2022 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Kesehatan yang ditandatangani Menteri Kesehatan pada 7 Februari 2022. Dalam Permenkes tersebut disebutkan organisasi BKPK terdiri dari lima unit eselon 2, yaitu Sekretariat Badan; Pusat Kebijakan Upaya Kesehatan; Pusat Kebijakan Sistem Ketahanan Kesehatan dan Sumber Daya Kesehatan; Pusat Kebijakan Pembiayaan dan Desentralisasi Kesehatan; dan Pusat Kebijakan Kesehatan Global dan Teknologi Kesehatan.